李克用上疏，要求昭宗诏令李茂贞退兵，同时还要批准自己对李茂贞发动进攻。
昭宗发布最高指示：既然李茂贞主动诛杀元凶李继鹏，说明他已经回心转意，既往不咎，你不准打他。
另诏李茂贞：疯了吧你？别这么不懂事儿！赶紧退兵，要乖哟。
王行瑜丢城失地，连连败退，儿子王知进也被生擒。李茂贞派来的凤翔援军也被李克用击溃。万般无奈之下，王行瑜逃回邠州大本营，派使节呈递奏章，表示愿意投降。
李克用率军包围邠州城。
王行瑜登上城楼，哀嚎痛哭，向李克用哭道：“我王行瑜有什么罪？胁迫皇上，那是李茂贞、李继鹏父子干的好事，跟我毫不相干！不信去凤翔问问，我愿意亲赴京师，负荆请罪。”
李克用“呵呵”一笑，冷嘲热风道：“王尚父（王行瑜求封尚书令不成，昭宗赐号‘尚父’以宽慰他），干嘛如此卑躬屈膝？我可承受不起啊。不是我要为难你，而是朝廷有诏讨伐三个贼子，您恰巧榜上有名，我是奉旨办事而已。至于去朝廷请罪嘛，这事儿，我可做不了主。”
王行瑜自知不敌，于是放弃负隅顽抗，带着全家老小，弃城北逃。逃到半路途中，被部下诛杀，人头连同妻儿老小二百余口，被押送朝廷。
李克用进入邠州，查封库房等机关要地，出安民榜安抚百姓，上疏朝廷奏捷。
在攻克邠州之前，昭宗皇帝还送给李克用一份大礼，这份大礼基本是前无古人后无来者的，昭宗把老婆送给了李克用。
昭宗皇帝的魏国夫人陈氏，颜值高而且有才华，才色双绝，在后宫里独占鳌头。昭宗皇帝把她赐给了李克用，使唤丫头随行奴婢们，也一同赐给了李克用。
等李克用拿下邠州之后，昭宗又晋封李克用为晋王，李克用的爵位由两字郡王（陇西郡王）上升到了一字并肩王（晋王），从此，“晋王”这个称号将陪伴李克用的一生。自李克用以下，凡有功之臣及其子孙全部加官晋爵。
李克用派谋士李袭吉到朝廷叩谢皇恩，李袭吉秘奏昭宗，“关中一带长期以来不能安宁，主要是受关西集团威胁，应该利用这次军事行动，把凤翔也一勺烩了，方能一劳永逸，安享太平。晋王就在渭水北岸，只等陛下一声令下，大业可成！”
昭宗下诏褒奖李克用对国家的忠诚和英勇，特别强调：王行瑜才是罪大恶极的始作俑者，自朕离开京师之后，李茂贞、韩建都幡然悔悟、浪子回头，不断给朝廷进贡，以赎罪。国
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